Les fondations
Des moines franciscains sont arrivés à Lyon au début du XIIIe siècle. Humbert de Grolée leur a donné l’une de ses terres sur la rive gauche du fleuve Rhône, afin qu’ils puissent y fonder leur couvent. Le petit-fils d’Humbert, Jacques de Grolée, a érigé une petite église en 1325. Quatre ans plus tard, leur église était terminée. Ensuite, l’ensemble des bâtiments du monastère a été achevé à la fin du XVe siècle par Simon de Pavie, le médecin du roi Louis XI.
Immédiatement, des confréries ont commencé à fréquenter l’église : elles ont érigé environ 20 chapelles latérales ! Des marchands de la ville de Troyes ont dédié une chapelle à saint Fortunat ; des tailleurs de pierre à saint Jacques et saint Philippe ; des vitriers à saint Clair et Luc ; des drapiers à saint Matthieu…
Un pèlerinage et des émeutes
Et Bonaventure dans tout ça ? Il s’agissait du cardinal Jean da Fidenza, surnommé frère Bonaventure (« Fortune »), et il est mort ici en 1274.

Les Lyonnais ont commencé à venir en pèlerinage sur sa tombe, mais aussi des rois et des reines. Anne de Beaujeu, la fille du roi Louis XI, a même offert un magnifique coffret-reliquaire orné de pierres précieuses.
Qu’est-il arrivé d’autre ici ? Eh bien, il y a eu la Rebeyne (émeute en dialecte lyonnais), en avril 1529. Les Lyonnais étaient mécontents à cause d’une nouvelle hausse du prix du blé. Assez !! Ils étaient déjà pauvres… alors ils ont pris les armes et se sont rassemblés dans l’église. Leur objectif ? S’emparer des stocks de blé destinés aux riches ! Cette émeute s’est terminée dans un bain de sang une semaine plus tard, tous les agitateurs ont été pendus sur la place devant l’église…
Une révolution !
Nous voici en 1562 : le couvent a été endommagé par les troupes protestantes, dirigées par le redoutable baron des Adrets. Ils ont occupé l’église (la transformant en temple) pendant plusieurs années ! Le roi de France Henri IV a pardonné à son ami Biron sa première trahison… première, mais pas la dernière !
En mars 1789, une réunion de députés pour les États généraux a eu lieu dans l’église. Après cela, elle a été transformée en grange et en manège. Toutes les œuvres d’art ont été volées, les chapelles latérales ont été murées, les vitraux détruits… Même les reliques de Bonaventure ont fini dans la Saône !

En 1807, ils ont fabriqué un nouveau reliquaire, une réplique exacte de celui offert par Anne de Beaujeu (qui avait disparu pendant la Révolution). Ils y ont placé les derniers restes de Bonaventure trouvés sur les rives de la rivière : un os et une dent.